Vai ai pra galera um comando bem útil para backup de bases de dados mysql. Abaixo um exemplo básico do comando, que faz backup de uma base de dados para um arquivo indicado pelo usuário.
shell>mysqldump -uUSUARIO -p NOME_BASE > NOME_ARQUIVO.sql
Em servidores baseados em Unix é legal montar um .sh e colocar os comandos de backup necessários, depois é só configurar no crontab para executar automaticamente em determinados horários.
Para verificar as outras opções de utilização do comando mysqldump clique aqui.